扫描电子显微镜（SEM）目前已经广泛应用于分析样品表面形貌。SEM的高能聚焦电子束扫描样品表面时，被激发的区域会产生二次电子。这些二次电子被收集起来转化为电信号，最终以图像的形式呈现出样品表面形貌。配备了EDX的SEM还可以进行元素成份分析，用于确定材料元素组成以及污染物鉴定。同时可结合聚焦离子束FIB，在进行高精度切割的同时又可以进行SEM成像，是一种非常强大的分析工具。

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